Zákon o obchodovaní s emisnými kvótami bol novelizovaný z viacerých dôvodov. Jedným z nich bola potreba transpozície smernice Európskeho parlamentu a Rady 2008/101/ES s cieľom začleniť činnosť leteckej dopravy do systému obchodovania s emisnými kvótami skleníkových plynov v rámci EÚ. Novela reflektuje nadobudnutie účinnosti Kjótskeho protokolu a tiež spresňuje ustanovenia týkajúce sa podávania správ o emisiách skleníkových plynov.
Dňa 1. marca 2011 nadobudol účinnosť zákon č. 47/2011 Z. z. (ďalej len „novela“), ktorým sa zmenil a doplnil zákon č. 572/2004 Z. z. o obchodovaní s emisnými kvótami (ďalej len „zákon o emisiách“). Novela v novom znení ust. § 2 zákona o emisiách doplnila a definovala niektoré základné pojmy, ako napr. skleníkové plyny, prevádzkovateľ lietadla, nový účastník schémy obchodovania a pod.
Novelizáciou ust. § 4 ods. 1 písm. g) zákona o emisiách bol zmenený povinný obsah žiadosti o povolenie na vypúšťanie skleníkových plynov do ovzdušia. V pôvodnom znení uvedeného ustanovenia bola povinným údajom bilancia emisií skleníkových plynov od roku 1990 alebo od uvedenia prevádzky do činnosti podľa toho, čo nastalo neskôr. Z dôvodu nadobudnutia účinnosti Kjótskeho protokolu novela zmenila časový údaj 1990 na 2005. Okrem uvedenej zmeny bolo ust. § 4 ods. 1 doplnené novými písmenami i) a j), ktoré rozširujú povinné náležitosti žiadosti o povolenie na vypúšťanie skleníkových plynov do ovzdušia o povinnosť doložiť kolaudačné rozhodnutie na stavbu a pri nových účastníkoch schémy obchodovania aj uviesť emisie skleníkových plynov pri projektovaných kapacitách. Uvedené povinnosti sa nebudú vzťahovať na osoby, ktoré z dôvodu plánovaného rozšírenia výroby budú v schéme obchodovania až od roku 2013, ale povinnosť mať povolenie pre vypúšťanie skleníkových plynov majú odo dňa 30. júna 2011.
Povinnosť mať povolenie na vypúšťanie skleníkových plynov alebo znečisťujúcich látok do ovzdušia bude mať po novom aj prevádzkovateľ, a to odo dňa 1. januára 2012, ak vykonáva leteckú dopravu, alebo odo dňa 30. júna 2011, ak vykonáva priemyselné činnosti uvedené v novej tabuľke B prílohy č. 1. Povinnosť mať povolenie na každú prevádzku sa vzťahuje aj na prevádzkovateľov, ktorí plánujú výrazné rozšírenie výroby, alebo budú povinnými účastníkmi schémy obchodovania odo dňa 1. januára 2013 z dôvodu prekročenia hranice 20 MW tepelného príkonu. V uvedených prípadoch majú prevádzkovatelia povinnosť mať povolenie odo dňa 30. júna 2011.
Novým znením ust. § 8 a § 9 bol doplnený režim schvaľovania plánu vypracovaného Ministerstvom životného prostredia Slovenskej republiky (ďalej len „MŽP SR“) spoločne s Ministerstvom hospodárstva Slovenskej republiky a spresnil sa spôsob prideľovania kvót pre dobrovoľných účastníkov schémy obchodovania. Jednou zo zmien je, že kvóty sú novým účastníkom schémy obchodovania prideľované podľa dátumu nadobudnutia právoplatnosti povolenia na vypúšťanie skleníkových plynov, a nie podľa dátumu doručenia písomnej žiadosti o povolenie emitovať skleníkové plyny, ako upravovala predchádzajúca právna úprava.
Novými ust. § 9b až § 9f bolo upravené obchodovanie s emisnými kvótami v súvislosti so začlením leteckej dopravy do systému obchodovania s emisnými kvótami skleníkových plynov. Jedná sa najmä o úpravu množstva kvót pre leteckú dopravu, schémy obchodovania s kvótami pre leteckú dopravu, prideľovania kvót prevádzkovateľom leteckej dopravy, použitia výnosu z predaja týchto kvót, tvorby rezervy pre nových prevádzkovateľov leteckej dopravy a schvaľovania plánov monitorovania prevádzkovateľov leteckej dopravy.
Novela upravila a súčasne i zaviedla nové povinnosti prevádzkovateľov lietadiel. Jedná sa napríklad o doplnenie povinnosti prevádzkovateľa lietadiel predložiť správu o emisiách skleníkových plynov MŽP SR, zavedenie povinnosti zasielať správu o emisiách skleníkových plynov a správu o overení správy o emisiách skleníkových plynov MŽP SR v elektronickej forme, či zákaz uskutočňovania ďalšieho prenosu emisných kvót, pokiaľ správa nebude overená oprávneným overovateľom ako správna.
Podľa súčasnej, ako aj podľa pôvodnej právnej úpravy, musí byť správa o emisiách skleníkových plynov overená oprávneným overovateľom podľa § 15 zákona o emisiách. Podľa novelou doplneného ust. § 13a, ak nastanú o správnosti overenej správy pochybnosti, je obvodný úrad životného prostredia oprávnený najneskôr do 15. marca príslušného roka požiadať Slovenskú inšpekciu životného prostredia o odborné stanovisko. Slovenská inšpekcia životného prostredia je povinná odborné stanovisko doručiť obvodnému úradu životného prostredia najneskôr do 31. marca príslušného roka. Následne obvodný úrad životného prostredia požiada prevádzkovateľa o dopracovanie a opätovné predloženie správy, ktorú je prevádzkovateľ povinný doručiť obvodnému úradu životného prostredia najneskôr do 15. apríla príslušného roka. Potvrdenie o správnosti správy predloží obvodný úrad životného prostredia správcovi registra kvót najneskôr do 30. apríla príslušného roka.
Novým znením ust. § 19 bola skutková podstata správneho deliktu neposkytnutia údajov potrebných na účely vydania kvót pre EÚ rozšírená aj na prevádzkovateľov lietadiel. Ak sa splnenie povinnosti podľa zákona o emisiách prevádzkovateľom lietadla nepodarí dosiahnuť ani uložením pokuty, po novom môže MŽP SR požiadať Európsku komisiu o uloženie zákazu prevádzky.
Emisné kvóty, ktoré boli vydané na obchodovateľné obdobie končiace dňa 31. decembra 2012, platia pre uvedené a pre nasledujúce obchodovateľné obdobia. Platnosť povolení na vypúšťanie emisií skleníkových plynov pre prevádzkovateľov iných ako uvedených v novelizovanej prílohe č. 1 zanikla dňa 2. marca 2011.